当然说到这里，就不能不提天府之国的政治局面，因为孙传庭的手段与朝廷不讲理由的支持，让孙传庭成为四川最大的政治势力，当然即便实力最大，也还有其他的政治对手，，他的对手便是左布政使刘国栋，刘国栋在四川任职已有十五年的时间，根深蒂固，与各地土司也有深厚的交情，当然刘国栋他的政治身份标志着他绝不可能成为皇帝朱由检看重的人，他是名阉党人员。

因为朝廷与四川官府对于土司关注的很多，故这次四川的叛乱不是土司，而是普通百姓。

带领百姓叛乱的叫王士性，王士性是个读书人，却久久考不中功名，迫于生活压力只能回到家乡教书耕种，而王士性却是个个地地道道的野心家，他不甘于平庸，便搞起了神佛一套，信奉救世主菩萨，这尊虚拟的神祗，穷苦百姓大多数都相信这些，故经过六年的发展，王士性在保宁府发展起过万的信徒，虽有过万的信徒，但王士性从未想过造反，若说他为何铤而走险，反了朝廷，根本原因还是在于官府，当然孙传庭在这里也要负有重大的责任。

孙传庭在四川一个多月的时候，就知道保宁府有一个救世主菩萨的神教，教首王士性是个落魄的读书人，孙传庭作为朝廷大员，当然不信这一套，更让他生气的是，王士性曾是个苦读数十年的读书人，当他得知王士性骗取教徒的钱财来供应自己奢侈生活的时候，就想把这个王士性给抓起来，但苦于没有借口，只好让手下的人去秘密调查王士性，终于抓到了王士性的把柄。

第一，王士性的教义就是现在的天下就是一个十恶不赦的地狱，我等凡夫俗子，只能诚心信奉救世主菩萨，才能得到救赎，这便是隐射当今朝廷，当然这是手下找到的第一个把柄，对于这种相对于文字狱一般的罪责，孙传庭是不屑于使用的，而第二条罪责，也是让孙传庭下令抓捕王士性的主要原因，王士性在教书的时候，曾经杀害一个老汉，因为王士性异常狡猾聪明，官府一直没有把罪犯缉捕归案，故孙传庭下令保宁府知府，立即抓捕王士性，因为王士性在本地很有威望，官府的行动应该是秘密进行的，但殊不知，去抓捕的衙役中有一人是王士性的信徒，这人在得到消息后，立即去通知了王士性，王士性得知消息后，大惊失色，连夜逃出他的神庙，并在两日后，发动了这场史称，神庙之乱的事件。

王士性聚集两千多精壮信徒，在黎明的时候进攻保宁城，当时城上的士兵不足百人，看到一两千农民模样的人，向城池冲来，喊打喊杀的，吓了一跳，立马关闭城门，吹响了号角。

保宁府城高墙坚，又有四千余名守军，这些乌合之众当然打不下来，丢下了几具尸体后，就逃窜而去，保宁守备胡均，唯恐城外有埋伏，也不敢派人追击。