此时，锡拉库扎城内的民众却在有心人的鼓动下发动了暴乱，要将狄奥尼修斯赶下台。菲比达斯带领来自各处的希腊联军赶来制止他们的暴乱，他们却向菲比达斯控诉：正是因为狄奥尼修斯的糟糕指挥，才使得锡拉库扎陷入困境，让民众失去亲人。同时又历数狄奥尼修斯在国内的残暴统治，恳求盟邦斯巴达能帮助他们摆脱这个僭主的枷锁。

菲比达斯想起之前阿格西劳斯的叮嘱，板起面孔告诉他们：斯巴达人前来锡拉库扎的任务是帮助狄奥尼修斯对抗迦太基，而不是帮助锡拉库扎人推翻狄奥尼修斯！他希望暴乱的民众能够平息愤怒，齐心协力赶走已经兵临城下的迦太基人。

同时，他还让狄奥尼修斯做出保证：从今以后，不得对参与暴乱的民众进行报复，今后的统治也会更加宽容。

在斯巴达人的全力支持下，狄奥尼修斯暂时度过一个难关。

城外的迦太基人安定下来之后，开始对锡拉库扎城外的一切设施进行破坏。他们不但捣毁农田、村镇，还亵渎神祗。不但破坏了波皮克莱高地上的宙斯神庙，还抢劫了德墨忒尔和珀尔塞福涅两位女神的神庙。

这种渎神的行为激怒了锡拉库扎人，双方多次在城外和大港内发生小规模的陆战和海战，胜负各半。

战争相持到夏季的到来，随着气温的上升，形势开始对锡拉库扎人有利起来，因为阿斯普拉河附近沼泽地里的蚊虫增多，受到叮咬的迦太基士兵受到了瘟疫的折磨，死亡的人数越来越多。

此时，饱受内忧外患压力的狄奥尼修斯也激发了自己的智慧，制定了一个巧妙的进攻计划：在黑夜行军，利用声东击西的战术调动敌人之后，海军和陆军同时猛攻敌人要塞的弱侧。

而迦太基人因为瘟疫的折磨，士气低落，面对锡拉库扎人的进攻反击无力。

狄奥尼修斯在付出了上千名雇佣军生命的代价，相继攻占了迦太基人在阿拉普斯河畔修建的波利克那要塞和修建在海岸边的达斯孔这两座要塞，同时大败迦太基海军，迦太基人纷纷伤亡惨重，希米尔科的中军营地被围在中间，营地内一片混乱，眼看着就要全军覆没的危险。

就在这时，狄奥尼修斯却命令停止进攻。

当晚，迦太基军营与狄奥尼修斯的秘使往来频繁。

接下来的三天，双方保持着平静，没有发生战斗。

到第四天晚上，希米尔科仅带领剩余的30条三层桨战船仓皇的逃出了大港，遗弃了大多数迦太基士兵、同盟军和雇佣军，他们最终遭到锡拉库扎及其盟军的全歼。

大胜之后的狄奥尼修斯并未对迦太基人穷追不舍，彻底收复西西里，将迦太基人赶出这个岛屿。因为之前锡拉库扎民众的逼宫事件已经使他深刻的意识到，只有迦太基人的势力继续在西西里存在，他的僭主地位才能得到保障，所以他不但放跑了希米尔科的残军，也没有继续扫荡迦太基在西西里的殖民城镇，而是开始重点打击东部内陆地区的西西里土著西凯尔人的势力，因为在这次的战争中，西凯尔人成为迦太基的帮凶，给锡拉库扎制造了很大的麻烦，让他觉得光统一岛上的希腊城邦还不够，必须扩张锡拉库扎在西凯尔人居住区的势力范围，彻底将西西里东部变成铁板一块。

锡拉库扎的大军开始征服一个个西凯尔人的城镇，如摩甘提那、凯法罗伊狄昂、赫那等，也逼迫更多的西凯尔势力与他签署了附属协议。

他还包围希米尔科为西凯尔人修建的唯一的海滨城市——陶罗美利昂，只是一时未能攻下。

到第二年（即公元前396年），锡拉库扎的势力已经向北扩张到西西里东北角。

在迦太基焚毁的废墟上，狄奥尼修斯重建了墨西拿，而新墨西拿城的居民构成是由锡拉库扎的盟邦洛克里和麦德玛的殖民者，这主要笼络他在大希腊的盟友，同时还有刚被斯巴达人赶出原居地而居无定所的几百名美塞尼亚人，这样的新住民跟利吉姆人再无一点亲缘关系。

但很快，斯巴达人就派来使者，对狄奥尼修斯将斯巴达的仇敌安置在如此重要的城市里表示了不满。